Material za mikrobno ekologijo in mikrobne skupnosti
Potrošni material za hitro ocenjevanje in proučevanje dinamike mikrobnih skupnosti
Mikrobne skupnosti (mikrobiote) so ključni regulatorji in pokazatelji ravnovesja ekosistemov, saj so prisotne v vseh naravnih okoljih in se običajno prve odzovejo na kemijske ali fizikalne spremembe. Spremembe v njihovi sestavi pogosto napovedujejo spremembe v zdravju in stabilnosti celotnega ekosistema. Zaradi te občutljivosti so mikroorganizmi dragoceni bioindikatorji, ki so zelo uporabni v medicini, ekologiji, živinoreji in agronomiji.

Biolog
Mikrotitrske plošče, ki omogočajo hitro in zanesljivo zaznavanje sprememb v mikrobnih skupnostih
Za enostavno in učinkovito spremljanje teh sprememb je Biolog razvil specializirane plošče za študij mešanih mikrobnih kultur, in sicer:
- EcoPlate za okoljske vzorce in CLPP (Community Level Physiological Profiling)
- RhizoPlate za študij mikrobiote rizosfere
- PreBioM za študij humane ali živalske mikrobiote
EcoPlate
- Določanje funkcionalne raznolikosti mikrobnih združb: EcoPlate je mikrotitrska plošča s 96 jamicami, v katerih je razporejenih 31 različnih ogljikovih virov (v treh ponovitvah), ki so primerni za rast in presnovo mešanih mikrobnih kultur. V vsaki jamici je tetrazolijevo redoks barvilo, ki ima vlogo kazalnika metabolne aktivnosti mikroorganizmov. Barvna sprememba v posamezni jamici je neposredno povezana z zmožnostjo mikrobne združbe presnavljati dani substrat, kar omogoča preprosto in vizualno merjenje funkcionalne raznolikosti z uporabo kateregakoli standardnega mikrotitrskega čitalnika.
- Neposredna uporaba za mešane mikrobne skupnosti: EcoPlate je posebej zasnovana za delo z okoljskimi vzorci, ki vsebujejo kompleksne mikrobne združbe, kot so vzorci tal, vode, komposta ali sedimenta. Omogoča CLPP (Community Level Physiological Profiling), tj. določanje fiziološkega profila celotne skupnosti.
- Enostavna kolorimetrična analiza: Za uporabo zadostuje običajen mikrotitrski čitalnik.
- Hitra vizualizacija funkcionalnih značilnosti: Primerjava med različnimi vzorci okolja je enostavna in pregledna.
- Hitra vizualizacija funkcionalnih značilnosti: Spremembe barve v posameznih jamicah omogočajo takojšen vpogled v to, katere ogljikove vire mikroorganizmi uporabljajo in s kakšno intenzivnostjo. Tako lahko hitro in pregledno primerjamo funkcionalne značilnosti mikrobnih skupnosti iz različnih okoljskih vzorcev.
- Zanesljiva in ponovljiva metoda: Vsak izmed 31 različnih ogljikovih substratov je prisoten v treh ponovitvah na plošči, kar zagotavlja visoko stopnjo ponovljivosti rezultatov in zmanjšuje vpliv morebitnih naključnih odstopanj pri meritvah.
RhizoPlate
- Opazovanje interakcij med rastlinami in mikrobi v realnem času: Serija mikroplošč RhizoPlate ponuja ciljno usmerjeno in enostavno rešitev za zaznavanje, razvrščanje in spremljanje bakterij, ki vežejo dušik (NFB - Nitrogen Fixing Bacteria), ter bakterij, ki raztapljajo fosfate (PSB - Phosphate Solubilizing Bacteria) v rizosferi.
- Trajnostno kmetijstvo: RhizoPlate olajša razvoj biostimulantov, ki zmanjšujejo potrebo po sintetičnih gnojilih.
- Celovita analiza: Sistem omogoča izbor in oceno bakterij NFB in PSB iz različnih virov – od posameznih izolatov do vzorcev tal. Obenem meri rast v različnih pogojih in tako pomaga prepoznati najbolj odporne seve in mikrobne skupnosti.
- Hitro primerjanje učinkovitosti: Kinetične meritve optične gostote (OD - optical density) pokažejo, kako dobro bakterije izkoriščajo dušik ali fosfat, kar omogoča hitro in enostavno primerjavo med sevi.
- Spremljanje v tleh: Sistem omogoča sledenje številčnosti bakterij NFB in PSB skozi čas, kar pomaga določiti optimalno in stroškovno učinkovito odmerjanje biostimulantov na polju.
- Prilagodljiva zmogljivost: RhizoPlate lahko povežemo s sistemom Odin, tako za manjša testiranja (z Odin VIII) kot tudi za večje serije (z Odin L), pri čemer programska oprema ponuja uporabne analize.
Izvedbe:
- RhizoPlate N: 96-jamična plošča s 30 ogljikovimi substrati (v treh ponovitvah) in tekočino za inokulacijo brez dušika, prilagojeno za rast bakterij NFB (Nitrogen Fixing Bacteria).
- RhizoPlate P: 96-jamična plošča, prevlečena z netopnim fosfatom, prav tako s 30 ogljikovimi substrati (v treh ponovitvah) in tekočino za inokulacijo brez fosfata, prilagojeno za rast bakterij PSB (Phosphate Solubilizing Bacteria).
PreBioM
- Celovito spremljanje odzivov humane in živalske mikrobiote na prebiotike: Linija plošč, zasnovana za metabolični profil bakterij človeške oz. živalske mikrobiote in presnovo prebiotičnih substratov znotraj aerobnih in anaerobnih pogojev. Na vsaki plošči so substrati organizirani v treh ponovitvah.
- Raznoliki prebiotični substrati: Sistem sestavljajo tri plošče (PreBioM1, PreBioM2, PreBioM3) z 90 izbranimi prebiotičnimi substrati – od enostavnih sladkorjev (mono- in disaharidov) do vlaknin in prehranskih izvlečkov.
- Analiza hitrosti rasti in presnove: Plošče PreBioM, uporabljene skupaj s sistemom Odin, omogočajo podrobno kinetično karakterizacijo mikrobne rasti in presnove substratov z uporabo tetrazolijevega indikatorja presnovne aktivnosti.
- Širok spekter uporabe: Zaradi svoje zasnove so plošče PreBioM še posebej primerne za raziskave prebiotičnih interakcij z mikrobioto, vrednotenje probiotične učinkovitosti, bioterapevtski razvoj in za preučevanje odzivov mikroorganizmov na različne prehranske komponente.